Susilo Bambang Yudhoyono adalah presiden pertama RI yang dipilih secara langsung oleh rakyat. SBY dan Jusuf Kalla dilantik oleh MPR sebagai presiden dan wakil presiden RI ke-6 pada tanggal 20 Oktober 2004. Tidak lama setelah terpilih, Presiden Susilo Bambang Yudhoyono sendiri segera membentuk susunan kabinet pemerintahannya yang diberi nama Kabinet Indonesia Bersatu.
Presiden Susilo Bambang Yudhoyono memprioritaskan untuk menyelesaikan permasalahan kemiskinan dan pengangguran serta pemberantasan KKN yang ia canangkan dalam program 100 hari pertama pemerintahannya. Salah satu program pengentasan kemiskinan yang dilakukan pemerintahan Presiden Susilo Bambang Yudhoyono adalah bantuan langsung tunai (BLT). Pada tahun 2006, BLT dianggarkan sebesar Rp. 18,8 triliun untuk 19,1 juta keluarga.
Upaya Meningkatkan Kesejahteraan Masyarakat
Program 100 hari pertama Presiden Susilo Bambang Yudhoyono juga memberikan prioritas pada peninjauan kembali RAPBN 2005, menetapkan langkah penegakkan hukum, langkah awal penyelesaian konflik di Aceh dan Papua, stimulasi ekonomi nasional dan meletakkan fondasi yang efektif untuk pendidikan nasional.
Presiden SBY mengambil langkah-langkah penanggulangan pasca bencana. Salah satunya adalah dengan menetapkan Keputusan Presiden Nomor 30 Tahun 2005 mengenai Rencana Induk Rehabilitasi dan Rekonstruksi Wilayah dan Kehidupan Masyarakat Aceh dan Kepulauan Nias Provinsi Sumatra Utara. Selain itu dibentuk pula Badan Rehabilitasi dan Rekonstruksi Wilayah dan Kehidupan Masyarakat Aceh dan Nias.
Presiden Susilo Bambang Yudhoyono juga berupaya memperbaiki sektor pendidikan dengan cara meningkatkan anggaran pendidikan yang semula berjumlah 21,49 triliun pada tahun 2004 menjadi 50 triliun pada tahun 2007. Seiring dengan itu, program bantuan operasional sekolah atau BOS juga ditingkatkan.
Di bidang kesehatan, pemerintah memberikan bantuan kesehatan gratis untuk berobat ke puskesmas dan rumah sakit melalui pemberian Asuransi Kesehatan Masyarakat Miskin dan beberapa kali menurunkan harga obat generik.
Reformasi di Bidang Politik
Salah satu upaya untuk menjaga kesolidan koalisi pada masa pemerintahan Presiden Susilo Bambang
Yudhoyono adalah pembentukan Sekretariat Gabungan (Setgab) antara Partai Demokrat dengan partai-partai politik lainnya yang mendukung SBY. Pemerintah juga mengupayakan reformasi birokrasi yang mengedepankan aspek transparansi, partisipasi dan akuntabilitas demi menciptakan good governance.
Pada periode kepemimpinannya yang kedua, SBY membentuk Kabinet Indonesia Bersatu II yang merupakan kabinet pemerintahan Indonesia pimpinan Presiden Susilo Bambang Yudhoyono bersama Wakil Presiden Boediono. Susunan kabinet ini berasal dari usulan partai politik pengusul pasangan SBY-Boediono pada Pilpres 2009 yang mendapatkan kursi di DPR (Partai Demokrat, PKS, PAN, PPP, dan PKB) ditambah Partai Golkar yang bergabung setelahnya.
Upaya untuk menyelesaikan konflik dalam negeri
Konflik berkepanjangan di wilayah Aceh dan Papua yang belum juga berhasil diselesaikan pada masa
pemerintahan presiden sebelumnya, mendapat perhatian serius dari Presiden Susilo Bambang Yudhoyono.
- Pada masa pemerintahan Presiden Susilo Bambang Yudhoyono menghasilkan Geneva Agreement (Kesepakatan Penghentian Permusuhan/Cessation of Hostilities Agreement (CoHA). Tujuan dari kesepakatan tersebut adalah menghentikan segala bentuk pertempuran sekaligus menjadi kerangka dasar dalam upaya negosiasi damai diantara semua pihak yang berseteru di Aceh. Namun pada kenyataannya, CoHA dan pembentukkan komite keamanan bersama belum mampu menciptakan perdamaian yang sesungguhnya.
- Presiden Susilo Bambang Yudhoyono juga melakukan pendekatan langsung dengan masyarakat Aceh melalui kunjungan yang dilakukan ke Aceh pada tanggal 26 November 2004.
- Salah satu kebijakan presiden untuk menyelesaikan konflik Poso adalah dengan mengeluarkan Intruksi Presiden No 14 Tahun 2005 tentang langkah-langkah komprehensif penanganan masalah Poso. Melalui Inpres tersebut, Presiden menginstruksikan untuk:(1). Melaksanakan percepatan penanganan masalah Poso melalui langkahlangkah komprehensif, terpadu dan terkoordinasi. (2). Menindak secara tegas setiap kasus kriminal, korupsi dan teror serta mengungkap jaringannya. (3). Upaya penanganan masalah Poso dilakukan dengan tetap memperhatikan Deklarasi Malino 20 Desember 2001.
- Presiden Susilo Bambang Yudhoyono juga mengeluarkan kebijakan otonomi khusus bagi Papua. Otonomi khusus tersebut diharapkan dapat memberikan porsi keberpihakan, perlindungan dan pemberdayaan kepada orang asli Papua.
Berpasangan dengan seorang ahli ekonomi yakni Boediono, Presiden Susilo Bambang Yudhoyono berhasil mendapatkan kembali mandat dari rakyat untuk memimpin Indonesia untuk masa pemerintahan berikutnya. Pada pemilu presiden yang diselenggarakan pada tanggal 8 Juli 2009 pasangan Susilo Bambang Yudhoyono berhasil memenangkan pemilu hanya melalui satu putaran.